Puchar UEFA 1971–2004 

Od pierwszego sezonu Pucharu UEFA kolejne rundy były rozgrywane systemem play-off w dwumeczach. W sezonie 1997/1998 po raz pierwszy dwumecz finałowy zastąpiono pojedynczym spotkaniem. Od sezonu 1994/1995 rozgrywano rundę kwalifikacyjną. W sezonie 1996/1997 po raz pierwszy w rozgrywkach brały udział drużyny, które odpadły w rundzie kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów UEFA tego samego roku, od sezonu 1999/2000 do turniejów o Puchar UEFA dołączały zespoły zajmujące 3. miejsce w rundzie grupowej Ligi Mistrzów w tym samym sezonie.

Puchar UEFA 2004–2009

Od sezonu 2004/2005 rozgrywki o Puchar UEFA przeprowadzane były systemem pucharowo-grupowym. Preeliminacje, pierwsza oraz trzecia i każda kolejna runda rozgrywano w dwumeczach, których zwycięzcy awansowali dalej. Drugą rundą były rozgrywki grupowe, w których brało udział 40 zespołów podzielonych na 8 pięciozespołowych grup. Każda drużyna grała po jednym meczu z przeciwnymi drużynami; w sumie 2 mecze u siebie i 2 na wyjeździe. Do następnej rundy awansowały 32 zespoły:

• 24 zespoły z drugiej rundy – po 3 z każdej grupy;
• 8 zespołów, które zajęły 3 miejsca w grupach pierwszej rundy Ligi Mistrzów.

Rywalizowaly one w dwumeczach (przegrywający odpada) – po każdej z nich pozostawało: 16, 8, 4 i 2 drużyny, które rozgrywają mecz finałowy na stadionie wybranym przed rozpoczęciem sezonu przez UEFA.